Trước cuối thế kỷ 17, dường như không có người cư ngụ trên nhóm đảo này. Thời đó gọi là đảo Kirkeholmen (nay Christiansø) và Bodholmen (nay Frederiksø).

Năm 1684 vua Christian V quyết định xây dựng 1 lâu pháo đài trên các đảo này chung quanh Cảng tự nhiên giữa đảo Kirkeholmen và Bodholmen. Lâu pháo đài này gọi là "Christiansø", và từ đó 2 đảo chính đổi tên thành Christiansø (theo tên vua Christan V) và Frederiksø (theo tên vua Frederik IV). Lâu pháo đài có 2 tháp canh, tháp lớn trên đảo Christiansø và tháp nhỏ trên đảo Frederiksø, cùng với các công sự và tường bao quanh. Các nhà khác của lâu pháo đài được xây chung quanh cảng. Pháo đài này được dùng làm căn cứ quân sự cho tới năm 1855.

Trong cuộc điều tra dân số năm 1810 nhóm đảo Ertholmene có 829 cư dân. Sau đó số cư dân giảm nhanh, nhất là sau khi lâu pháo đài bị bãi bỏ. Ngày nay nhiều cơ sở của lâu pháo đài cùng tường bao bọc vẫn được gìn giữ và được bảo tồn.

Năm 1821 nhà thần học và theo chủ nghĩa vô chính phủ Jacob Jacobsen Dampe được chuyển tới nhốt trên đảo Christiansø dưới sự canh phòng cẩn mật. Ban đầu ông ta bị tòa án xử tử hình, nhưng được vua Frederik VI giảm xuống còn án chung thân.

Sau khi lâu pháo đài bị bãi bỏ, thì cư dân sống bằng nghề đánh bắt cá. Ngày nay nhóm đảo cũng trở thành nơi thu thút các khách du lịch. Hàng năm có khoảng 60-80.000 du khách tới đây.

Sau cuộc cải cách hành chính năm 2007, các cư dân ở đây là những người duy nhất trong toàn Đan Mạch được miễn đóng góp tiền cho dịch vụ y tế.[1][2]